长流水管理站成立于2003年，现有职工41人，管理总面积16322公顷，占保护区总面积的21.8％。这里地处毛乌素沙漠西南边缘，有保存较好的天然植被，主要是柠条、猫头刺、沙冬青天然灌木林群落及天然草原。其中分布的天然柠条群落与保护区其他区域的柠条群落共同组成我国分布面积最大的天然柠条分布区。管理站成立以来，采取多种措施，拯救、恢复和发展珍稀濒危物种资源，逐步扩大现有的荒漠植物群落和动物群落，保护生物多样性，大力开展沙漠治理，逐步完善基础设施建设，到目前，已建管理站998m2，护林点一处84m2，修建主干道10公里，林道34公里，架设输电线路20公里，扎设草方格2万亩，栽植各类沙生灌木230万株，为保护管理工作打下了良好基础。